Integrative Genomics Viewer IGV for Mac - Download

多年来，我一直致力于测序数据，老实说，当我需要“查看”基因组中发生的情况时，IGV 是一款永远不会让我失望的应用程序。它并不华丽，但可以快速完成工作。上周我被 BAM 文件和 VCF 淹没了，IGV 毫无问题地加载了所有内容。没有花哨的 UI，没有学习曲线 - 只需拖放即可。如果您想发现样本中的突变或检查基因表达，这是您最好的朋友。

好东西

什么真正脱颖而出？它处理大文件而不崩溃的方式。我曾经打开过全基因组测序运行中的 10GB BAM 文件，它直接放大，就像什么都没发生一样。即使您堆叠了 15 个不同的图层，轨道也能保持响应。以及在线性视图和圆形视图之间切换的能力？当您查看线粒体 DNA 或质粒时非常方便。此外，直接从 ENA 或 dbGaP 等公共存储库加载数据是一个救星 - 让我免于手动下载和格式化文件。另外，它是免费的，当你是研究生或经营一个小型实验室时，这是巨大的。

不太好的

这对初学者来说并不友好。我记得我第一次打开它 - 感觉就像我盯着未来的电子表格一样。没有入门教程，并且一些设置被隐藏得很深。虽然它支持大量格式，但当出现问题时，它并不总是给出明确的错误消息。如果您不习惯基因组文件类型，您可能会在试图找出无法加载 BED 文件的原因时陷入困境。此外，它仅适用于 Mac，因此 Windows 或 Linux 用户就不那么幸运了。如果您处于混合环境中，则不太理想。

底线

如果您在 Mac 上进行基因组学工作，那么 Integrative Genomics Viewer IGV for Mac - Download for Mac 绝对值得购买。它并不漂亮，但可靠且免费。如果您正在分析变体、表达或比对数据，这个工具可以让您保持理智。只是不要指望有人指导——带上你自己的耐心和对基因组学的基本掌握。对于这个价格来说，很难被击败。