PyMOL - Download

好东西

伙计，卡通模式太狂野了。你加载一个 PDB 文件（比如冠状病毒刺突蛋白），然后那些凌乱的链突然变成光滑的螺旋和片状。这就像实时观察蛋白质自我折叠一样。还有透明度技巧？您可以使蛋白质表面半透明，这样您实际上就可以看到隐藏在结合袋内的药物分子。这是演讲或论文的黄金。我用它向一位教授展示突变如何破坏关键的相互作用——她说这是她整个学期见过的最清晰的可视化。此外，用 Python 编写脚本的能力也是一个隐藏的瑰宝。我编写了一个快速脚本，通过充电自动对残留物进行着色，然后就完成了。 20 分钟内没有点击菜单。

不太好的

是的，它是免费的，这太棒了，但界面还不太成熟。感觉就像 2008 年的东西——大量的菜单、神秘的命令和零工具提示。如果您还不熟悉分子建模，那么第一个小时绝对是令人沮丧的。文档也很少。虽然它可以处理大量的文件类型，但如果您的系统不强大，打开一些体积地图可能会使其崩溃。另外，没有内置教程。你基本上被扔进了深渊。因此，如果您只是在寻找快速的 3D 模型查看器，那么这可能不适合您。它适合那些需要精确性而不是便利性的人。

底线

如果您从事生物化学、结构生物学，或者只是想了解一门课程的蛋白质结构，PyMOL - Mac 版下载值得您每一秒的安装。这并不漂亮，也不容易，但很精确。而且它是免费的。因此，除非您正在做基本的作业，否则请跳过标题诱饵应用程序并直接进行此操作。这是真正的交易。